Dokumentacja cen transferowych a estoński CIT – co oznacza wyrok NSA dla spółek?

Spółki, które wybrały ryczałt od dochodów spółek, czyli estoński CIT, nadal muszą analizować obowiązki w zakresie cen transferowych. Dokumentacja cen transferowych a estoński CIT to temat szczególnie istotny dla podmiotów działających w grupach kapitałowych, spółek z udziałem zagranicznym oraz firm, które dokonują rozliczeń ze wspólnikami lub innymi podmiotami powiązanymi.

Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 17 lutego 2026 r., sygn. akt II FSK 694/23, potwierdził, że wybór estońskiego CIT nie wyłącza stosowania przepisów o cenach transferowych. Oznacza to, że spółka korzystająca z ryczałtu od dochodów spółek nie może automatycznie uznać, że nie dotyczą jej obowiązki dokumentacyjne, raportowe lub analityczne związane z transakcjami kontrolowanymi.

Wyrok ma duże znaczenie praktyczne, ponieważ rozstrzyga wątpliwości pojawiające się od kilku lat. Estoński CIT zmienia sposób ustalania momentu opodatkowania, ale nie eliminuje ogólnych obowiązków podatnika CIT, jeżeli przepisy nie przewidują w tym zakresie wyraźnego wyłączenia.

---

Czego dotyczyła sprawa rozpoznana przez NSA?

Sprawa dotyczyła spółki, która wybrała opodatkowanie ryczałtem od dochodów spółek i stosowała przepisy rozdziału 6b ustawy o CIT. Jednocześnie spółka dokonywała transakcji z podmiotami powiązanymi, co oznaczało konieczność oceny, czy zastosowanie mają przepisy o cenach transferowych, w szczególności art. 11k–11t oraz art. 11e ustawy o CIT.

Spółka wystąpiła o interpretację indywidualną, ponieważ chciała potwierdzić, czy po wyborze estońskiego CIT nadal musi stosować regulacje dotyczące cen transferowych. Jej stanowisko opierało się na założeniu, że przepisy rozdziału 6b ustawy o CIT kompleksowo regulują zasady opodatkowania ryczałtem od dochodów spółek. Skoro w tym rozdziale nie ma wyraźnego odesłania do przepisów o dokumentacji cen transferowych, spółka uznała, że przepisy te nie powinny mieć do niej zastosowania.

Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej nie zgodził się z takim podejściem. W interpretacji indywidualnej z 1 lipca 2022 r., znak 0111-KDIB2-1.4010.99.2022.1.PB, organ wskazał, że przepisy o cenach transferowych nadal obowiązują podatników opodatkowanych ryczałtem od dochodów spółek.

Stanowisko organu zostało następnie potwierdzone przez Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu w wyroku z 11 stycznia 2023 r., sygn. akt I SA/Po 697/22. Ostatecznie sprawę rozstrzygnął Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 17 lutego 2026 r., sygn. akt II FSK 694/23, oddalając skargę kasacyjną spółki.

---

Dlaczego podatnicy mieli wątpliwości?

Wątpliwości wynikały z konstrukcji estońskiego CIT. W klasycznym CIT podatnik ustala przychody, koszty uzyskania przychodów, dochód lub stratę podatkową, a następnie rozlicza podatek według zasad ogólnych. W estońskim CIT mechanizm opodatkowania jest odmienny. Co do zasady podatek jest związany przede wszystkim z dystrybucją zysku lub innymi zdarzeniami określonymi w ustawie, takimi jak ukryte zyski czy wydatki niezwiązane z działalnością gospodarczą.

Z tego powodu część podatników argumentowała, że skoro ryczałt od dochodów spółek tworzy odrębny model opodatkowania, to przepisy o cenach transferowych nie powinny być stosowane w taki sam sposób jak przy klasycznym CIT. Problem był szczególnie widoczny przy zwolnieniach dokumentacyjnych, analizie dochodu lub straty podatkowej oraz ocenie wpływu transakcji kontrolowanych na podstawę opodatkowania.

Nie oznacza to jednak, że transakcje z podmiotami powiązanymi przestają mieć znaczenie podatkowe. Wręcz przeciwnie. W estońskim CIT rozliczenia ze wspólnikami i podmiotami powiązanymi mogą być istotne zarówno z perspektywy cen transferowych, jak i ryzyka ukrytych zysków. Dlatego wybór tej formy opodatkowania wymaga uporządkowania przepływów w grupie, a nie jedynie analizy warunków formalnych wejścia w ryczałt.

---

Stanowisko NSA: brak wyłączenia oznacza dalsze stosowanie przepisów

NSA potwierdził, że przepisy o cenach transferowych mają charakter ogólny i znajdują zastosowanie do podatników CIT, chyba że ustawodawca wyraźnie przewidział wyłączenie. W przepisach dotyczących estońskiego CIT takiego wyłączenia nie ma.

Istotą rozstrzygnięcia jest więc odróżnienie braku odesłania od wyłączenia stosowania przepisów. To, że rozdział 6b ustawy o CIT nie zawiera dodatkowego odesłania do regulacji o cenach transferowych, nie oznacza, że przepisy art. 11k–11t oraz art. 11e ustawy o CIT przestają obowiązywać podatników opodatkowanych ryczałtem od dochodów spółek.

W praktyce oznacza to, że forma opodatkowania nie decyduje sama w sobie o istnieniu lub braku obowiązków w zakresie cen transferowych. Kluczowe pozostaje to, czy spółka realizuje transakcje kontrolowane, jaka jest ich wartość, czy przekroczone zostały ustawowe progi dokumentacyjne oraz czy podatnik może skorzystać ze zwolnienia przewidzianego w przepisach.

Wyrok NSA·17 lutego 2026·II FSK 694/23

Estoński CIT nie wyłącza obowiązków w zakresie cen transferowych

1. Model estońskiego CIT
   Ryczałt od dochodów spółek na podstawie rozdziału 6b ustawy o CIT.
3. Brak wyraźnego wyłączenia przepisów TP
   Brak wyraźnego wyłączenia stosowania art. 11k–11t oraz art. 11e ustawy o CIT.
5. Przepisy o cenach transferowych nadal obowiązują
   Obowiązki w zakresie dokumentacji, informacji TPR i analiz nadal obowiązują.

---

• Polska
• CIT
• Ceny transferowe
• Wyrok NSA

---

Estoński CIT nie zwalnia z monitorowania transakcji powiązanych

Wyrok NSA potwierdza, że spółka na estońskim CIT powinna monitorować transakcje z podmiotami powiązanymi na takich samych zasadach jak inni podatnicy CIT, z uwzględnieniem specyfiki ryczałtu od dochodów spółek.

W praktyce konieczna jest analiza, czy po stronie spółki występują transakcje kontrolowane, czyli działania o charakterze gospodarczym identyfikowane na podstawie rzeczywistych zachowań stron, których warunki zostały ustalone lub narzucone w wyniku powiązań. Nie zawsze będzie to wyłącznie klasyczna sprzedaż towarów albo świadczenie usług. Transakcją kontrolowaną mogą być również finansowanie, poręczenie, refakturowanie kosztów, udostępnienie majątku, licencja, najem, usługi wsparcia lub inne rozliczenia w ramach grupy.

Dla spółek z udziałem zagranicznym szczególne znaczenie ma spójność dokumentacji lokalnej z modelem rozliczeń przyjętym w grupie. Jeżeli polska spółka korzysta z usług centrum usług wspólnych, otrzymuje finansowanie od podmiotu powiązanego, płaci opłaty licencyjne lub nabywa usługi zarządcze, powinna dysponować dokumentami pozwalającymi wykazać ekonomiczne uzasadnienie transakcji oraz rynkowy charakter rozliczeń. W takich sytuacjach doradztwo w zakresie cen transferowych może być potrzebne nie tylko przy sporządzeniu dokumentacji, ale już na etapie identyfikacji transakcji i oceny ryzyka.

---

Kiedy dokumentacja cen transferowych może być obowiązkowa?

Obowiązek sporządzenia lokalnej dokumentacji cen transferowych nie powstaje automatycznie dlatego, że spółka korzysta z estońskiego CIT. Powstaje wtedy, gdy spełnione są przesłanki wynikające z przepisów o cenach transferowych.

Spółka powinna przeanalizować przede wszystkim:

• czy występują powiązania kapitałowe, osobowe lub inne powiązania mogące skutkować wywieraniem znaczącego wpływu na warunki transakcji,
• jakie transakcje są realizowane z podmiotami powiązanymi,
• czy transakcje mają charakter jednorodny,
• jaka jest ich wartość w roku podatkowym,
• czy przekroczone zostały progi dokumentacyjne,
• czy możliwe jest zastosowanie zwolnienia z obowiązku przygotowania dokumentacji,
• czy należy przygotować analizę cen transferowych,
• czy powstaje obowiązek złożenia informacji TPR, czyli informacji o cenach transferowych przekazywanej administracji skarbowej, obejmującej wybrane dane o transakcjach kontrolowanych realizowanych przez podatnika.  

W przypadku spółek na estońskim CIT szczególnie ważne jest, aby tej analizy nie odkładać do końca roku. Ryczałt od dochodów spółek może ograniczać część bieżących rozliczeń podatkowych, ale nie usuwa obowiązku gromadzenia danych potrzebnych do oceny transakcji kontrolowanych. Jeżeli spółka dopiero po zakończeniu roku zaczyna ustalać, jakie transakcje miały miejsce i jak zostały wycenione, ryzyko błędów jest znacznie większe.

---

Informacja TPR pozostaje istotnym obowiązkiem raportowym

Jeżeli spółka ma obowiązek sporządzenia dokumentacji cen transferowych, powinna również zweryfikować obowiązek złożenia informacji TPR. Jest to jeden z kluczowych elementów raportowania w obszarze cen transferowych.

TPR nie powinien być traktowany wyłącznie jako formularz techniczny. Dane wykazywane w informacji o cenach transferowych powinny być spójne z dokumentacją cen transferowych, księgami rachunkowymi, sprawozdaniem finansowym oraz rzeczywistym przebiegiem transakcji. W praktyce organy podatkowe mogą wykorzystywać te informacje do analizy ryzyka i typowania podmiotów do kontroli.

Dla podatników estońskiego CIT szczególne znaczenie ma jakość danych księgowych i finansowych. Skoro w tym modelu opodatkowania punkt ciężkości przesuwa się z klasycznej kalkulacji dochodu podatkowego na wynik finansowy, dystrybucję zysku oraz określone kategorie świadczeń, niespójności między księgami, TPR i dokumentacją cen transferowych mogą być szczególnie problematyczne.

Z tego względu obszar cen transferowych powinien być analizowany łącznie z bieżącą księgowością i rozliczeniami CIT. W przypadku spółek działających w Polsce w ramach międzynarodowej grupy istotne jest również, aby lokalne dane raportowe były zgodne z polityką rozliczeń wewnątrzgrupowych oraz dokumentacją przygotowywaną na poziomie grupy.

---

Problem zwolnień dokumentacyjnych przy estońskim CIT

Wyrok NSA przesądza, że przepisy o cenach transferowych mają zastosowanie do podatników estońskiego CIT. Nie rozwiązuje jednak wszystkich praktycznych problemów, które mogą pojawić się przy stosowaniu tych przepisów.

Jednym z takich zagadnień jest możliwość korzystania ze zwolnień dokumentacyjnych. Przepisy o cenach transferowych przewidują określone zwolnienia, między innymi dla wybranych transakcji krajowych, jeżeli spełnione są ustawowe warunki. Część z tych warunków odnosi się do pojęć typowych dla klasycznego CIT, takich jak strata podatkowa ze źródła przychodów.

W przypadku podatników estońskiego CIT ocena tych przesłanek może być trudniejsza, ponieważ spółka nie rozlicza podatku dochodowego według klasycznego mechanizmu. Nie oznacza to jednak, że zwolnienia należy automatycznie wykluczyć albo automatycznie stosować. Wymagana jest odrębna analiza konkretnego stanu faktycznego, rodzaju transakcji, statusu stron oraz warunków przewidzianych w ustawie.

To istotne zwłaszcza dla spółek, które mają wiele transakcji krajowych z podmiotami powiązanymi i zakładają, że zwolnienie będzie miało zastosowanie bez dodatkowej weryfikacji. Takie podejście może być ryzykowne, jeżeli spółka nie posiada dokumentów potwierdzających spełnienie warunków zwolnienia.

---

Ceny transferowe a ukryte zyski w estońskim CIT

W spółkach opodatkowanych estońskim CIT obszar cen transferowych powinien być analizowany również w kontekście ukrytych zysków. Są to określone świadczenia wykonane w związku z prawem do udziału w zysku, których beneficjentem jest wspólnik lub podmiot powiązany bezpośrednio albo pośrednio ze wspólnikiem.

Nie każda transakcja z podmiotem powiązanym będzie ukrytym zyskiem. Nie każda transakcja objęta analizą cen transferowych będzie też automatycznie skutkować opodatkowaniem w ramach estońskiego CIT. Oba obszary mogą się jednak praktycznie przecinać.

Przykładem mogą być rozliczenia za usługi świadczone przez wspólnika, najem składników majątku od podmiotu powiązanego, finansowanie udzielone przez wspólnika, korzystanie z wartości niematerialnych albo inne świadczenia, których warunki odbiegają od rynkowych lub nie mają wystarczającego uzasadnienia gospodarczego.

W takich przypadkach spółka powinna analizować nie tylko to, czy cena odpowiada warunkom rynkowym, ale również to, czy dane świadczenie nie jest związane z prawem do udziału w zysku.

Oznacza to potrzebę połączenia perspektywy cen transferowych, przepisów o estońskim CIT oraz rachunkowości. Przy bardziej złożonych strukturach właścicielskich pomocne może być bieżące doradztwo podatkowe w Polsce, szczególnie gdy transakcje mają charakter cykliczny lub istotną wartość.

Rozliczenia z podmiotami powiązanymi·Dwa obszary

Transakcje z podmiotami powiązanymi wymagają analizy zarówno cen transferowych, jak i ukrytych zysków

W estońskim CIT transakcja z podmiotem powiązanym może mieć znaczenie zarówno dla cen transferowych, jak i dla oceny ukrytych zysków.

Dokumentacja cen transferowych

Po przekroczeniu ustawowych progów może powstać obowiązek przygotowania lokalnej dokumentacji cen transferowych, analizy porównawczej lub analizy zgodności oraz informacji TPR.

Ukryte zyski (estoński CIT)

Świadczenia wykonane w związku z prawem do udziału w zysku, których warunki odbiegają od rynkowych lub nie mają wystarczającego uzasadnienia gospodarczego.

---

Gdzie oba obszary mogą się przecinać

• Usługi świadczone przez wspólnika
• Najem składników majątku od podmiotu powiązanego
• Finansowanie udzielone przez wspólnika
• Korzystanie z wartości niematerialnych

Oba obszary mogą się przecinać — nie każda transakcja z podmiotem powiązanym jest ukrytym zyskiem, dlatego każdy przypadek wymaga odrębnej analizy.

---

Jakie transakcje powinny zwrócić uwagę zarządu?

Z perspektywy zarządu najważniejsze jest ustalenie, które rozliczenia z podmiotami powiązanymi mogą generować obowiązki dokumentacyjne albo zwiększone ryzyko podatkowe. Dotyczy to zwłaszcza transakcji o istotnej wartości, transakcji powtarzalnych oraz świadczeń, które trudno porównać z warunkami rynkowymi.

Szczególnej uwagi wymagają między innymi:

• pożyczki, kredyty, cash pooling i inne formy finansowania wewnątrzgrupowego,
• poręczenia i gwarancje udzielane przez podmioty powiązane,
• usługi zarządcze, administracyjne, księgowe, informatyczne, doradcze lub marketingowe,
• najem nieruchomości, maszyn, urządzeń lub samochodów od wspólników albo podmiotów powiązanych,
• licencje, opłaty za znaki towarowe, know-how, oprogramowanie lub inne wartości niematerialne,
• dostawy towarów między spółkami z grupy,
• refakturowanie kosztów,
• transakcje ze wspólnikami i członkami zarządu,
• rozliczenia z zagraniczną spółką dominującą lub centrum usług wspólnych.

W każdym z tych przypadków istotna jest nie tylko sama umowa. Znaczenie mają również rzeczywiste wykonanie świadczenia, sposób kalkulacji wynagrodzenia, dowody potwierdzające otrzymanie usługi, zgodność rozliczeń z księgami oraz możliwość wykazania, że niezależne podmioty mogłyby ustalić podobne warunki.

---

Znaczenie wyroku dla spółek z udziałem zagranicznym

Wyrok NSA jest szczególnie istotny dla spółek z udziałem zagranicznym, które korzystają z estońskiego CIT lub rozważają wybór tej formy opodatkowania. Takie podmioty często funkcjonują w ramach międzynarodowych struktur, w których naturalnie występują transakcje z podmiotami powiązanymi.

Polska spółka może na przykład korzystać z usług centrali, płacić za licencje, otrzymywać finansowanie, uczestniczyć w modelu refakturowania kosztów albo sprzedawać towary do innych spółek z grupy. W takich sytuacjach obowiązki TP nie są jedynie formalnością.

Dokumentacja powinna odzwierciedlać rzeczywisty model biznesowy, funkcje pełnione przez strony, ponoszone ryzyka oraz aktywa wykorzystywane w transakcji.

Dla inwestora zagranicznego istotne jest również to, że estoński CIT nie powinien być oceniany wyłącznie przez pryzmat korzyści płynnościowych. Przed wyborem tej formy opodatkowania warto przeanalizować strukturę rozliczeń wewnątrzgrupowych, potencjalne ukryte zyski, obowiązki TP oraz wpływ przyjętego modelu na raportowanie. W praktyce takie podejście pozwala uniknąć sytuacji, w której spółka spełnia warunki wejścia w estoński CIT, ale nie jest przygotowana do prawidłowego udokumentowania transakcji z grupą.

---

Co powinny zrobić spółki korzystające z estońskiego CIT?

Po wyroku NSA spółki opodatkowane ryczałtem od dochodów spółek powinny zweryfikować, czy ich podejście do cen transferowych jest kompletne i spójne. Nie wystarczy samo stwierdzenie, że spółka korzysta z estońskiego CIT i nie rozlicza podatku według klasycznych zasad.

Po wyroku NSA·Działania do podjęcia

Co powinny teraz zweryfikować spółki korzystające z estońskiego CIT

1. 01
   Zidentyfikować podmioty powiązane

   Powiązania mogą mieć charakter kapitałowy, osobowy lub wynikać z faktycznej możliwości wywierania znaczącego wpływu — obejmują również wspólników, członków zarządu oraz podmioty przez nich kontrolowane.
2. 02
   Przygotować listę transakcji kontrolowanych

   Nie tylko sprzedaż i zakup towarów, ale także usługi, finansowanie, najem, licencje, gwarancje, poręczenia oraz rozliczenia kosztowe.
3. 03
   Ustalić wartość transakcji jednorodnych

   Sprawdzić, czy przekroczone zostały progi dokumentacyjne, na podstawie danych księgowych, umów oraz rzeczywistego przebiegu współpracy.
4. 04
   Zweryfikować zwolnienia dokumentacyjne

   W przypadku estońskiego CIT nie należy stosować ich automatycznie — część warunków odwołuje się do kategorii typowych dla klasycznego CIT i wymaga odrębnej analizy.
5. 05
   Zapewnić spójność dokumentacji cen transferowych, TPR i ksiąg rachunkowych

   Przygotować lokalną dokumentację cen transferowych, analizę porównawczą lub analizę zgodności oraz informację TPR zgodną z księgami rachunkowymi.

W praktyce warto przeprowadzić kilka działań porządkujących.

Po pierwsze, należy zidentyfikować podmioty powiązane. Powiązania mogą mieć charakter kapitałowy, osobowy lub wynikać z faktycznej możliwości wywierania znaczącego wpływu na decyzje gospodarcze drugiego podmiotu. W spółkach właścicielskich lub rodzinnych szczególne znaczenie mogą mieć również relacje ze wspólnikami, członkami zarządu oraz podmiotami przez nich kontrolowanymi.

Po drugie, trzeba przygotować listę transakcji kontrolowanych. Powinna ona obejmować nie tylko sprzedaż i zakup towarów, ale także usługi, finansowanie, najem, licencje, gwarancje, poręczenia oraz rozliczenia kosztowe.

Po trzecie, należy ustalić wartość transakcji jednorodnych i sprawdzić, czy przekroczone zostały progi dokumentacyjne. Analiza powinna być oparta na danych księgowych, umowach oraz rzeczywistym przebiegu współpracy.

Po czwarte, warto zweryfikować możliwość zastosowania zwolnień dokumentacyjnych. W przypadku estońskiego CIT nie należy robić tego automatycznie, ponieważ część warunków zwolnień dokumentacyjnych odwołuje się do kategorii typowych dla klasycznego CIT, co może wymagać odrębnej analizy konkretnego stanu faktycznego.

Po piąte, jeżeli obowiązek dokumentacyjny powstaje, należy przygotować lokalną dokumentację cen transferowych, analizę porównawczą lub analizę zgodności oraz informację TPR, zgodnie z obowiązującymi wymogami.

---

Dlaczego wcześniejsza analiza jest bezpieczniejsza niż działanie po zakończeniu roku?

Ceny transferowe wymagają danych, których często nie da się rzetelnie odtworzyć dopiero po zakończeniu roku. Dotyczy to zwłaszcza usług niematerialnych, refakturowania kosztów, finansowania, rozliczeń z centralą grupy albo świadczeń wykonywanych przez wspólników.

Jeżeli spółka na bieżąco gromadzi umowy, kalkulacje, zestawienia kosztów, potwierdzenia wykonania usług i dane finansowe, przygotowanie dokumentacji jest znacznie prostsze. Jeżeli robi to dopiero w reakcji na termin raportowy albo pytania organu podatkowego, ryzyko niespójności wzrasta.

Warto także pamiętać, że dane wykazywane w TPR powinny być zgodne z dokumentacją cen transferowych i księgami rachunkowymi. W przypadku spółek obsługiwanych przez zewnętrzne biuro rachunkowe lub dział finansowy grupy istotna jest dobra koordynacja między księgowością, doradcą podatkowym i osobami odpowiedzialnymi za rozliczenia wewnątrzgrupowe. Właśnie na tym etapie praktyczne znaczenie ma połączenie obsługi księgowej z analizą podatkową i dokumentacyjną, zwłaszcza w przypadku firm zagranicznych prowadzących działalność w Polsce.

---

Podsumowanie

Wyrok NSA z 17 lutego 2026 r., sygn. akt II FSK 694/23, potwierdza, że spółki opodatkowane estońskim CIT nie są zwolnione z obowiązków w zakresie cen transferowych. Brak wyraźnego odesłania w rozdziale 6b ustawy o CIT nie oznacza, że przepisy art. 11k–11t oraz art. 11e ustawy o CIT przestają mieć zastosowanie.

Dla przedsiębiorców oznacza to konieczność regularnego monitorowania transakcji z podmiotami powiązanymi.

Jeżeli spółka przekracza ustawowe progi i nie może skorzystać ze zwolnienia, powinna przygotować dokumentację cen transferowych oraz zweryfikować obowiązek złożenia informacji TPR.

Estoński CIT może być korzystnym modelem opodatkowania, szczególnie z perspektywy reinwestowania zysków i płynności finansowej. Nie jest jednak uproszczeniem w każdym obszarze podatkowym. Spółki działające w grupach kapitałowych, w tym spółki z udziałem zagranicznym, powinny szczególnie uważnie analizować rozliczenia wewnątrzgrupowe, ponieważ mogą one mieć znaczenie zarówno dla cen transferowych, jak i dla oceny ukrytych zysków.

W praktyce bezpieczne podejście polega na wcześniejszej identyfikacji transakcji, uporządkowaniu danych księgowych, ocenie obowiązków dokumentacyjnych i zachowaniu spójności między dokumentacją TP, TPR oraz rzeczywistym modelem rozliczeń w grupie.

---

Podstawa interpretacyjna

• interpretacja indywidualna Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z 1 lipca 2022 r., znak 0111-KDIB2-1.4010.99.2022.1.PB,
• wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Poznaniu z 11 stycznia 2023 r., sygn. akt I SA/Po 697/22,
• wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z 17 lutego 2026 r., sygn. akt II FSK 694/23.

***