Ulga IP BOX a podwykonawcy – wyrok NSA

Czy spółka, która projektuje rozwiązania i kieruje pracami nad systemem, ale kodowanie zleca programiście B2B, wciąż prowadzi działalność B+R – i ma prawo do 5% w uldze IP Box — preferencyjnym opodatkowaniu w PIT i CIT dochodów z kwalifikowanych praw własności intelektualnej (np. autorskiego programu komputerowego)? Wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego o sygnaturze II FSK 61/25 potwierdza: o B+R przesądza rola podatnika jako autora koncepcji i koordynatora oraz posiadanie majątkowych praw autorskich do wyników; liczy się twórcze rozwijanie oprogramowania, a nie to, kto fizycznie pisze kod.

W wymiarze operacyjnym orzeczenie wzmacnia podatników współpracujących z podwykonawcami: potrzebna jest odrębna ewidencja IP Box, rozdzielenie prac rozwojowych od utrzymaniowych oraz poprawne ujęcie kosztów w wskaźniku nexus.

Tło sprawy – kto „tworzy” w modelu z podwykonawcą

Interpretacja Dyrektora KIS z 31 maja 2024 r. dotyczyła spółki rozwijającej od lat autorski program komputerowy „R.”. Spółka projektowała kierunki rozwoju i nowe moduły systemu, a implementację zlecała programiście w modelu B2B, przy pełnym przeniesieniu majątkowych praw autorskich do efektów. Oprogramowanie było komercjalizowane (licencje/SaaS), a spółka ponosiła koszty wytwarzania i utrzymania rozwiązania. Organ uznał jednak, że spółka „nabywa usługi”, więc nie prowadzi B+R – a w konsekwencji uznał pytania o ulgę IP Box (w tym 5% IP Box, wskaźnik nexus i ewidencję IP Box) za bezprzedmiotowe.

WSA w Białymstoku (30 października 2024 r., I SA/Bk 272/24) uchylił interpretację, wskazując, że o B+R decyduje twórcza rola podatnika (koncepcja, nadzór, koordynacja) oraz posiadanie praw do wyników, a rozwój nabytego IP może stanowić prace rozwojowe. NSA w prawomocnym wyroku z 3 czerwca 2025 r. (II FSK 61/25) oddalił skargę kasacyjną KIS, potwierdzając, że korzystanie z podwykonawców nie wyklucza ulgi IP Box, a organ powinien merytorycznie odnieść się do kwestii kwalifikowanego prawa własności intelektualnej, dochodu z kwalifikowanego IP, kalkulacji wskaźnika nexus i prowadzenia ewidencji IP Box.

Z uzasadnienia wyroku wynika jasno, że:

• Outsourcing (podwykonawcy B2B) nie wyklucza ulgi IP Box ani B+R.
• Decyduje rola podatnika (koncepcja, koordynacja) i prawa autorskie do wyników.
• Rozwój nabytego oprogramowania to prace rozwojowe (kwalifikowane IP).
• Konieczna odrębna ewidencja IP Box i poprawne wyliczenie wskaźnika nexus.
• Koszty usług niepowiązanych zwiększają część kwalifikowaną w nexus.
• Organ ma obowiązek merytorycznie odnieść się do 5% i ujęcia kosztów w nexus.

Najczęstsze błędy w uldze IP Box i jak ich uniknąć

Najczęściej spotykane ryzyka związane z ulgą IP Box to głównie błędy w dokumentacji, problemy z kwalifikacją kosztów oraz sposób prezentacji prac, które mogą prowadzić do utraty prawa do ulgi lub kontroli skarbowej. Najbardziej istotnym ryzykiem jest niewłaściwe prowadzenie ewidencji, ponieważ wymagana jest szczegółowa, odrębna dokumentacja przychodów, kosztów i dochodów związanych z kwalifikowanymi prawami własności intelektualnej. Brak tej ewidencji lub jej błędy mogą skutkować koniecznością zapłacenia zaległych podatków oraz kar.

Podejścia ograniczające podatkową niepewność obejmują:

• Prowadzenie szczegółowej i zgodnej z przepisami ewidencji księgowej, w której wyodrębnione są wszystkie operacje finansowe związane z IP Box.
• Skorzystanie z profesjonalnej pomocy biur rachunkowych, które pomagają przygotować, skorygować i utrzymać prawidłową dokumentację.
• Uzyskanie pozytywnych interpretacji indywidualnych organów skarbowych potwierdzających poprawne zastosowanie ulgi.
• Dokładne kwalifikowanie działalności jako badawczo-rozwojowej i ponoszenie odpowiednich kosztów kwalifikowanych do wytworzenia kwalifikowanego IP.
• Obliczenie i monitorowanie wskaźnika nexus, który jest kluczowy dla prawidłowego określenia dochodu objętego ulgą IP Box.

Te działania minimalizują ryzyko podatkowych niepewności i kontroli oraz pomagają w prawidłowym korzystaniu z preferencyjnego opodatkowania 5% stawką zamiast standardowych stawek podatkowych.

IP Box w modelu B2B – praktyczne konsekwencje dla spółek technologicznych

Wyrok porządkuje praktykę: współpraca z podwykonawcami B2B nie stoi w sprzeczności z IP Box, o ile spółka prowadzi prace rozwojowe nad autorskim programem komputerowym, zarządza kierunkiem projektu i ma prawa do efektów. W praktyce to zielone światło dla modeli SaaS i software house’ów rozwijających także nabyte rozwiązania – pod warunkiem rzetelnej ewidencji IP Box i poprawnego wyliczenia wskaźnika nexus.

IP Box w modelu B2B – rekomendowane kroki

Zalecane jest przeprowadzenie krótkiego przeglądu rozliczeń IP Box obejmującego: weryfikację kryteriów B+R (twórczość, systematyczność), ocenę pełnego przeniesienia praw w umowach B2B, uporządkowanie ewidencji „per produkt/moduł” oraz kwalifikację kosztów do liter a/b/c/d z obliczeniem wskaźnika nexus. Warto ustandaryzować wzorce umów (pola eksploatacji, prawa zależne), opisać metody alokacji kosztów wspólnych i uzupełnić dokumentację projektowo-techniczną.

Wyrok NSA (II FSK 61/25) potwierdza, że outsourcing prac programistycznych nie wyłącza IP Box, jeżeli podmiot definiuje koncepcję, koordynuje prace i dysponuje prawami do wyników. O bezpieczeństwie preferencji decydują głównie: odrębna ewidencja IP Box, rozdzielenie prac rozwojowych od utrzymaniowych oraz prawidłowo wyznaczony wskaźnik nexus. Dla spółek IT i SaaS oznacza to realną możliwość utrzymania 5% dla dochodu z kwalifikowanego IP – pod warunkiem zachowania opisanych standardów dowodowych i kontraktowych.

Jeśli mają Państwo pytania dotyczące opisanego tematu lub potrzebują Państwo dodatkowych informacji – zapraszamy do kontaktu:

Zadaj pytanie »

GETSIX TAX & LEGAL

Tomasz Nowak
Starszy Konsultant podatkowy
getsix Tax & Legal

***