KSeF a nietransakcyjne przemieszczenie własnych towarów do magazynu w UE – czy trzeba wystawić fakturę ustrukturyzowaną?

W interpretacji indywidualnej z 15 grudnia 2025 r. (sygn. 0112-KDIL1-3.4012.778.2025.1.KM) Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej wskazał, że przemieszczenie własnych towarów z Polski do magazynu w innym kraju UE może wymagać wystawienia faktury ustrukturyzowanej w KSeF. To istotna zmiana perspektywy dla firm, które dotąd traktowały takie przesunięcia jako zdarzenia logistyczne dokumentowane wewnętrznie.

W dalszej części wyjaśniamy, skąd bierze się spór, jakie ryzyka powstają przy transgranicznych modelach magazynowania oraz jak przygotować procesy VAT i fakturowania do wymogów Krajowego Systemu e-Faktur (KSeF).

Dlaczego przemieszczenie własnych towarów może być WDT mimo braku sprzedaży

Z perspektywy VAT kluczowe jest, że polskie przepisy uznają za wewnątrzwspólnotową dostawę towarów (WDT) nie tylko klasyczną sprzedaż do kontrahenta w innym państwie UE, ale także określone przemieszczenia towarów należących do przedsiębiorstwa pomiędzy państwami członkowskimi, jeżeli mają służyć działalności gospodarczej.

W praktyce oznacza to, że przesunięcie własnych towarów do magazynu w innym kraju UE może pociągać za sobą obowiązki ewidencyjne i rozliczeniowe (m.in. VAT-UE), nawet gdy:

• nie ma kontrahenta po stronie nabywcy,
• nie ma płatności,
• towar pozostaje własnością tego samego podmiotu.

To właśnie ten rozdźwięk między ekonomicznym sensem zdarzenia a jego kwalifikacją dla VAT jest źródłem sporów o dokumentowanie.

Co wynika z interpretacji Dyrektora KIS z 15 grudnia 2025 r.

Stan faktyczny istotny dla rozstrzygnięcia

W interpretacji analizowano sytuację, w której spółka:

• ma siedzibę w Polsce i jest czynnym podatnikiem VAT,
• jest zarejestrowana do VAT również w kraju przeznaczenia, tj. w Niemczech,
• przemieszcza własne towary do magazynu w innym państwie UE, a następnie towary są tam wykorzystywane do dalszej dystrybucji,
• dokumentowała przemieszczenie dokumentem wewnętrznym (z danymi dostawcy i nabywcy rozumianymi jako polska i zagraniczna rejestracja VAT tego samego podmiotu).

Stanowisko Dyrektora KIS: konieczność wystawienia faktury ustrukturyzowanej

Dyrektor KIS uznał, że w przypadku takiego przemieszczenia (kwalifikowanego jako WDT w ramach własnego przedsiębiorstwa) podatnik powinien wystawić fakturę, a po objęciu go obowiązkowym e-fakturowaniem – fakturę ustrukturyzowaną w KSeF.

Logika „dwóch statusów podatnika” w dwóch państwach

W uzasadnieniu organ podkreślił, że choć czynność wykonuje jeden podmiot, to dla celów VAT funkcjonuje on równolegle w dwóch jurysdykcjach (np. jako podatnik zarejestrowany w Polsce i jako podatnik zarejestrowany w Niemczech). W konsekwencji organ potraktował takie przemieszczenie jako zdarzenie wymagające dokumentacji fakturowej.

Odwołanie do dyrektywy VAT

Dyrektor KIS oparł argumentację także na przepisach dyrektywy VAT (2006/112/WE), wskazując na unijną zasadę dokumentowania dostaw wewnątrzwspólnotowych.

Dlaczego podejście organu jest istotne dla firm z magazynami w UE

W praktyce gospodarczej magazyny w innych krajach UE (własne lub prowadzone przez operatorów logistycznych) są standardem w modelach:

• dystrybucyjnych (lokalne wydania z magazynu),
• produkcyjnych (zasilanie zakładów lub centrów montażowych),
• wewnątrzgrupowych (przepływy towarów w grupie).

Jeżeli organ konsekwentnie będzie uznawał, że przemieszczenie własnych towarów wymaga faktury, firmy muszą przygotować nie tylko rozliczenia VAT, ale też procesy i dane potrzebne do wystawienia faktury w KSeF (w tym spójność z dokumentacją logistyczną).

Obowiązkowy KSeF w 2026 r.: etap wdrożenia i okres przejściowy

Obowiązek wystawiania faktur w KSeF jest wprowadzany etapami:

• od 1 lutego 2026 r. dotyczy przedsiębiorców, których wartość sprzedaży (z VAT) przekroczyła w 2024 r. 200 mln zł,
• od 1 kwietnia 2026 r. obejmie pozostałych przedsiębiorców.

Dla najmniejszych podmiotów przewidziano rozwiązanie przejściowe: do końca 2026 r. można wystawiać faktury poza KSeF, jeżeli w danym miesiącu łączna wartość sprzedaży brutto udokumentowana tymi fakturami nie przekracza 10 000 zł (po przekroczeniu limitu obowiązek stosowania KSeF dotyczy faktury, która przekroczyła limit).

Skutki praktyczne: najtrudniejsze obszary przy fakturze za przemieszczenie własnych towarów

1) Dane nabywcy i identyfikacja transakcji

W przypadku przemieszczenia do własnej rejestracji VAT w innym kraju UE problemem jest właściwe ujęcie roli nabywcy w fakturze, skoro w sensie gospodarczym nie występuje odrębny kontrahent. W KSeF kluczowa będzie poprawna identyfikacja stron i numerów dla transakcji wewnątrzwspólnotowych.

2) Wycena i cena w fakturze

Przy braku sprzedaży nie ma ceny handlowej. Jeżeli jednak faktura ma powstać, przedsiębiorca musi przyjąć spójne i możliwe do obrony podejście do wartości pozycji (np. oparte o koszt wytworzenia, koszt nabycia albo wartość ewidencyjną zapasu), tak aby:

• dane na fakturze były spójne z księgami i ewidencją magazynową,
• możliwe było odtworzenie kalkulacji w razie weryfikacji.

3) Spójność dokumentacji logistycznej i podatkowej

Nawet jeżeli celem faktury jest przede wszystkim udokumentowanie zdarzenia dla VAT, brak zgodności między dokumentami WMS/ERP a e-fakturą zwiększa ryzyko pytań kontrolnych i korekt.

4) Integracje systemowe

W wielu organizacjach dane o przemieszczeniach powstają w systemach logistycznych, a fakturowanie odbywa się w ERP lub w odrębnym narzędziu. Przy KSeF potrzebny jest proces, który:

• pobiera dane o towarach i ilościach,
• tworzy dokument zgodny ze strukturą e-faktury,
• zapewnia spójność z ewidencją VAT.

Zalecany zakres działań przygotowawczych w firmie

1. Identyfikacja wszystkich ścieżek przemieszczeń PL → UE (magazyny, operatorzy, oddziały, centra dystrybucji).
2. Weryfikacja, czy przemieszczenia rozliczasz jako nietransakcyjne WDT oraz jak dokumentujesz je dziś.
3. Przegląd rejestracji VAT w krajach magazynowania i dystrybucji.
4. Ustalenie zasad wyceny do celów dokumentu fakturowego (spójna polityka wewnętrzna).
5. Analiza danych źródłowych: czy systemy logistyczne przekazują komplet informacji do fakturowania.
6. Testy integracji i jakości danych pod schemę faktury ustrukturyzowanej.
7. Procedury awaryjne i odpowiedzialności (role, uprawnienia, kontrola poprawności).

Czy w 2026 r. grożą kary za błędy w KSeF?

Niezależnie od dyskusji wokół interpretacji, dla zarządów i dyrektorów finansowych kluczowe jest ryzyko odpowiedzialności za nieprawidłowości w e-fakturowaniu. Przepisy przewidują administracyjne kary pieniężne związane z KSeF, przy czym stosowanie części regulacji (w tym wybranych przepisów art. 106ni) zostało odroczone i zacznie mieć zastosowanie od 1 stycznia 2027 r..

Nie oznacza to jednak, że rok 2026 jest okresem bez istotnych konsekwencji. W praktyce ryzyka pozostają realne, ponieważ:

• nieprawidłowości mogą skutkować konsekwencjami w VAT – w szczególności w zakresie spełnienia warunków zastosowania stawki 0% dla WDT, poprawności ewidencji oraz spójności dokumentacji potwierdzającej przemieszczenia,
• raportowanie w KSeF zwiększa przejrzystość danych i może ułatwiać identyfikację rozbieżności między fakturowaniem, ewidencjami VAT i raportowaniem.

W efekcie 2026 r. warto traktować jako czas na dopracowanie procesów i zapewnienie jakości danych, aby wejść w 2027 r. z rozwiązaniem przygotowanym na weryfikację organów podatkowych.

Jeżeli Twoja firma przemieszcza towary między Polską a innymi krajami UE, warto połączyć wdrożenie KSeF z przeglądem rozliczeń VAT i dokumentowania WDT. getsix® może wesprzeć firmy w kompleksowym doradztwie podatkowym i VAT, w tym w ocenie skutków transgranicznych przemieszczeń towarów oraz w uporządkowaniu obowiązków dokumentacyjnych, a także w obsłudze księgowej, obejmującej zapewnienie spójności danych i procesów niezbędnych do prawidłowego fakturowania i raportowania w środowisku KSeF.

Najczęstsze pytania przedsiębiorców

Jeśli mają Państwo pytania dotyczące opisanego tematu lub potrzebują Państwo dodatkowych informacji – zapraszamy do kontaktu:

Zadaj pytanie »

DZIAŁ DS. RELACJI Z KLIENTAMI

ELŻBIETA
NARON-GROCHALSKA
Head of Customer Relationships
Department / Senior Manager
Grupa getsix

***