Na fakturach online dostępnych poza KSeF pojawia się jeden kod QR, który umożliwia szybki dostęp i weryfikację dokumentu w systemie. Przy fakturach wystawianych offline lub awaryjnych mogą być stosowane dwa kody – jeden dla samej faktury i drugi dla certyfikatu potwierdzającego dane wystawcy. Po dosłaniu do KSeF pozostaje jeden kod powiązany z numerem KSeF.