Kontrole estońskiego CIT – jakie nieprawidłowości wykrywa fiskus?

Kontrole estońskiego CIT koncentrują się przede wszystkim na prawidłowości wyboru ryczałtu od dochodów spółek oraz spełnianiu warunków uprawniających do jego stosowania. Z danych Ministerstwa Finansów opublikowanych w maju 2026 r. wynika, że fiskus wykrywał nieprawidłowości dotyczące zawiadomień ZAW-RD, przejścia na ryczałt w trakcie roku, zatrudnienia, struktury udziałowców i przychodów pasywnych. Od początku 2025 r. do marca 2026 r. w zakończonych kontrolach celno-skarbowych stwierdzono uszczuplenia podatkowe u 64 podatników, na łączną kwotę prawie 42 mln zł.

---

Kontrole estońskiego CIT – co wynika z danych Ministerstwa Finansów?

Administracja skarbowa weryfikuje spółki korzystające z estońskiego CIT, czyli ryczałtu od dochodów spółek, będącego jedną z form opodatkowania podatkiem dochodowym od osób prawnych (CIT). Z danych Ministerstwa Finansów wynika, że szczególną uwagę poświęcono formalnej prawidłowości wyboru tej formy opodatkowania oraz spełnianiu warunków ustawowych.

Weryfikacja nie ogranicza się zatem do tego, czy przedsiębiorstwo prawidłowo oblicza i odprowadza podatek. Organy skarbowe sprawdzają również, czy spółka była uprawniona do wyboru estońskiego CIT i czy zachowała to prawo w kolejnych latach.

Według danych MF, w okresie od 2022 r. do połowy 2025 r. organy podatkowe identyfikowały nieprawidłowości związane z wyborem i stosowaniem estońskiego CIT. W opublikowanych informacjach wskazano następujące przypadki:

Rodzaj nieprawidłowości	Liczba przypadków
Nieskuteczny wybór estońskiego CIT stwierdzony po weryfikacji ZAW-RD	642
Niespełnienie warunku dotyczącego zawiadomienia o wyborze ryczałtu (art. 28j ust. 1 pkt 7 ustawy o CIT)	345
Niespełnienie warunków przejścia na ryczałt w trakcie roku (art. 28j ust. 5 ustawy o CIT)	99
Niespełnienie warunków określonych w art. 28j ust. 1 pkt 2–6 ustawy o CIT	424

Jak wyjaśniło Ministerstwo Finansów, przedstawione dane nie mają charakteru rozłącznego. W ramach jednego działania weryfikacyjnego mogło zostać stwierdzone niespełnienie więcej niż jednego warunku stosowania estońskiego CIT, dlatego wskazanych przypadków nie należy sumować.

Ostatnia kategoria obejmuje naruszenia dotyczące m.in. formy prawnej, struktury udziałowców, zatrudnienia, udziału przychodów pasywnych oraz zasad sporządzania sprawozdań finansowych.

Wyniki weryfikacji pokazują, że istotnym źródłem ryzyka są uchybienia formalne i niespełnienie wymogów organizacyjnych. Spółka może bowiem prowadzić bieżące rozliczenia w systemie estońskiego CIT, mimo że nie spełnia wszystkich warunków uprawniających do korzystania z niego.

---

Ile kontroli estońskiego CIT przeprowadziła skarbówka?

Z danych Ministerstwa Finansów wynika, że od początku 2025 r. do marca 2026 r. wszczęto 40 kontroli celno-skarbowych dotyczących estońskiego CIT, natomiast zakończono 71 takich kontroli. W przypadku 64 podatników stwierdzono uszczuplenia podatkowe na łączną kwotę prawie 42 mln zł.

Liczba zakończonych kontroli jest większa niż liczba wszczętych w analizowanym okresie, ponieważ postępowania zakończone w tym czasie mogły zostać rozpoczęte w poprzednich latach.

Istotna jest również skala stosowania estońskiego CIT. W 2025 r. deklaracje CIT-8E złożyło prawie 20 tys. podatników, w większości spółek z ograniczoną odpowiedzialnością.

Nie oznacza to jednak, że na podstawie tych liczb można ustalić ogólny odsetek spółek, u których wykrywane są nieprawidłowości. Dane dotyczące weryfikacji formalnej i kontroli celno-skarbowych obejmują różne czynności oraz okresy.

Opublikowane statystyki wskazują przede wszystkim na dwa obszary ryzyka: nieskuteczny wybór estońskiego CIT oraz wykrycie nieprawidłowości w spółkach, które już stosują ryczałt.

Nowsze dane Ministerstwa Finansów o kontrolach estońskiego CIT – wrzesień 2026 r.

Nowsze informacje przedstawiło Ministerstwo Finansów w odpowiedzi z 23 września 2026 r. na interpelację poselską nr 19508. Według stanu na 10 września 2026 r. kontrole podatkowe lub celno-skarbowe dotyczące estońskiego CIT pozostawały w toku wobec 19 podmiotów. Łączna wartość zaległości podatkowych ustalonych w ramach kontroli dotyczących ryczałtu od dochodów spółek, objętych dostępnymi statystykami administracji skarbowej, wynosiła 69,3 mln zł. Dane te odnoszą się do okresów, w których możliwe było odrębne oznaczanie kontroli dotyczących estońskiego CIT.

Nowe dane nie są bezpośrednio porównywalne z informacjami przedstawionymi w maju 2026 r., ponieważ obejmują różne okresy i zakresy czynności kontrolnych.

---

Co najczęściej sprawdza urząd skarbowy w spółkach na estońskim CIT?

Na podstawie danych Ministerstwa Finansów można wyróżnić kilka obszarów szczególnie istotnych dla weryfikacji prawidłowości stosowania ryczałtu.

Zawiadomienie ZAW-RD i skuteczność wyboru ryczałtu

Jednym z najczęściej identyfikowanych problemów jest nieprawidłowy wybór estońskiego CIT, w tym błędy dotyczące zawiadomienia ZAW-RD. Zgodnie z art. 28j ust. 1 pkt 7 ustawy o CIT podatnik powinien złożyć zawiadomienie do końca pierwszego miesiąca pierwszego roku podatkowego, w którym zamierza korzystać z ryczałtu.

Szczególne znaczenie mają również obowiązki związane z przejściem na estoński CIT w trakcie roku podatkowego. Wymaga ono zamknięcia ksiąg rachunkowych i sporządzenia sprawozdania finansowego zgodnie z przepisami o rachunkowości.

Nieprawidłowości w tym zakresie mogą prowadzić do zakwestionowania skuteczności wyboru ryczałtu, a w konsekwencji konieczności zweryfikowania sposobu opodatkowania dochodów spółki.

Szczegółowe zasady, wymagane terminy i konsekwencje uchybień zostały omówione w naszym artykule: Przejście na estoński CIT – kluczowe terminy i ryzyka.

Struktura udziałowców i forma prowadzonej działalności

Organy podatkowe sprawdzają także, czy spółka spełnia wymogi dotyczące formy prawnej i struktury właścicielskiej.

Estoński CIT jest dostępny dla określonych rodzajów spółek, a jego stosowanie wiąże się m.in. z wymogiem posiadania wspólników będących wyłącznie osobami fizycznymi. Istotne są również ograniczenia dotyczące posiadania udziałów lub akcji w innych podmiotach.

Dla spółek należących do większych grup kapitałowych szczególne znaczenie mają zmiany właścicielskie i reorganizacje. Transakcja zmieniająca strukturę udziałowców może wpłynąć na możliwość dalszego stosowania estońskiego CIT.

Poziom zatrudnienia i udział przychodów pasywnych

Weryfikacji podlega również spełnienie warunku zatrudnienia określonego w art. 28j ustawy o CIT. Znaczenie mają m.in. liczba zatrudnionych osób, rodzaj umów, okres zatrudnienia oraz ustawowe wyłączenia i preferencje dotyczące określonych podatników.

Kolejnym obszarem jest struktura przychodów. Zasadniczo mniej niż 50% przychodów spółki osiągniętych w poprzednim roku podatkowym, liczonych wraz z należnym VAT, może pochodzić z określonych w ustawie źródeł pasywnych. Obejmują one między innymi odsetki, wierzytelności i określone transakcje z podmiotami powiązanymi, w przypadku których nie powstaje rzeczywista wartość dodana pod względem ekonomicznym albo jest ona znikoma.

Dla przedsiębiorstw obsługujących inne podmioty w grupie kapitałowej oznacza to konieczność weryfikacji nie tylko wartości przychodów, lecz także charakteru świadczonych usług i rzeczywistej działalności gospodarczej.

Zasady prowadzenia rachunkowości

Warunkiem korzystania z estońskiego CIT jest również przestrzeganie wymogów dotyczących ksiąg rachunkowych i sprawozdawczości finansowej. Organy podatkowe mogą weryfikować między innymi prawidłowość dokumentacji księgowej oraz to, czy podatnik nie sporządza sprawozdań finansowych zgodnie z Międzynarodowymi Standardami Rachunkowości (MSR) w okresie opodatkowania ryczałtem.

Dla spółek prowadzących działalność w ramach międzynarodowych grup kapitałowych istotne jest rozróżnienie zasad raportowania na potrzeby grupy oraz wymogów dotyczących jednostkowego sprawozdania finansowego polskiej spółki.

---

Weryfikacja warunków estońskiego CIT a kontrole rozliczeń podatkowych

Weryfikacja warunków stosowania estońskiego CIT służy ustaleniu, czy spółka prawidłowo wybrała ryczałt i zachowała prawo do tej formy opodatkowania. Kontrola rozliczeń podatkowych może natomiast obejmować ustalenie, czy właściwie rozpoznała dochody podlegające opodatkowaniu oraz prawidłowo obliczyła należny podatek.

To rozróżnienie ma istotne znaczenie dla interpretacji danych Ministerstwa Finansów.

W pierwszym przypadku organy mogą analizować zawiadomienie ZAW-RD, strukturę udziałowców, zatrudnienie czy przychody pasywne. W drugim przedmiotem kontroli mogą być między innymi rozliczenia z tytułu podzielonego zysku, ukrytych zysków, wydatków niezwiązanych z działalnością gospodarczą oraz innych kategorii dochodów przewidzianych w art. 28m ustawy o CIT.

Spółka, która prawidłowo spełnia warunki stosowania ryczałtu, nadal może popełniać błędy w rozliczeniach podatkowych. Z kolei prawidłowe obliczenie podatku nie usuwa nieprawidłowości dotyczących samego wyboru tej formy opodatkowania.

Dlatego kompleksowa ocena ryzyka podatkowego wymaga odrębnego zbadania obu obszarów.

---

Konsekwencje nieprawidłowości wykrytych podczas kontroli estońskiego CIT

Konsekwencje zależą od rodzaju stwierdzonego naruszenia. Nieprawidłowości dotyczące warunków stosowania ryczałtu mogą prowadzić do utraty prawa do estońskiego CIT, natomiast błędy w rozliczeniach mogą skutkować koniecznością uregulowania zaległości podatkowych.

Zgodnie z art. 28l ustawy o CIT moment utraty prawa do ryczałtu zależy od rodzaju naruszenia. Niespełnienie warunku dotyczącego przychodów pasywnych lub zatrudnienia powoduje utratę prawa do opodatkowania ryczałtem z końcem roku podatkowego, w którym doszło do naruszenia. Natomiast w przypadku określonych naruszeń dotyczących struktury właścicielskiej, posiadania udziałów w innych podmiotach lub prowadzenia ksiąg rachunkowych utrata prawa następuje z końcem roku poprzedzającego rok podatkowy, w którym wystąpiła dana okoliczność.

W przypadku zakwestionowania skuteczności wyboru estońskiego CIT konieczne może być także ustalenie, czy spółka była uprawniona do stosowania ryczałtu od wskazanego przez siebie momentu.

Może to oznaczać potrzebę ponownej analizy rozliczeń podatkowych za wcześniejsze okresy.

Nie każda nieprawidłowość ma jednak takie same skutki. Ocena wymaga ustalenia, którego warunku dotyczy naruszenie, kiedy ono wystąpiło oraz jakie przepisy znajdowały wówczas zastosowanie.

---

Planowane zmiany w estońskim CIT a nieprawidłowości formalne

W kontekście kontroli istotne znaczenie może mieć projekt zmian podatkowych przyjęty przez Radę Ministrów 22 września 2026 r.

Ministerstwo Finansów zapowiedziało w nim rozwiązanie dotyczące podatników, którzy przy wyborze estońskiego CIT w trakcie roku podatkowego dopuścili się określonych uchybień formalnych związanych ze sporządzeniem sprawozdania finansowego.

Projekt przewiduje również uchylenie możliwości wyboru estońskiego CIT w trakcie roku podatkowego oraz doprecyzowanie sposobu spełniania warunku zatrudnienia. W tym drugim przypadku proponowane rozwiązania mają umożliwić łączenie zatrudnienia na podstawie umowy o pracę z zatrudnieniem na podstawie innych umów.

Propozycje te są szczególnie istotne w świetle statystyk MF, ponieważ część wykrytych nieprawidłowości dotyczy właśnie przejścia na ryczałt i wymogów formalnych.

Zgodnie z informacją Ministerstwa Finansów planowanym terminem wejścia w życie zmian jest zasadniczo 1 stycznia 2027 r.

---

Jak spółka może ograniczyć ryzyko nieprawidłowości w estońskim CIT?

Dane Ministerstwa Finansów wskazują, że weryfikacja prawidłowości stosowania estońskiego CIT powinna obejmować zarówno dokumentację wyboru ryczałtu, jak i warunki spełniane w kolejnych latach podatkowych.

Przedsiębiorstwo powinno przede wszystkim sprawdzić:

• czy wybór estońskiego CIT został dokonany skutecznie i jest odpowiednio udokumentowany;
• czy zmiany właścicielskie lub organizacyjne nie wpłynęły na spełnianie warunków ustawowych;
• czy poziom zatrudnienia odpowiada wymogom obowiązującym w danym roku;
• czy udział przychodów pasywnych nie przekracza dopuszczalnego progu;
• czy dokumentacja księgowa i sprawozdawczość są zgodne z wymaganiami stosowania ryczałtu;
• czy dochody podlegające opodatkowaniu, w tym potencjalne ukryte zyski, są prawidłowo identyfikowane i rozliczane.

Szczególnie istotna jest bieżąca weryfikacja tych elementów w przypadku spółek przeprowadzających reorganizacje, zmieniających model zatrudnienia albo realizujących znaczną część transakcji z podmiotami powiązanymi. W praktyce ryzyko może powstać nie tylko przy samym wyborze estońskiego CIT, lecz także w wyniku zmian w działalności przedsiębiorstwa w kolejnych latach.

Opublikowane dane MF potwierdzają, że bezpieczeństwo podatkowe spółki stosującej estoński CIT wymaga kontroli zarówno formalnych warunków korzystania z ryczałtu, jak i prawidłowości bieżących rozliczeń. W przypadku wątpliwości dotyczących skuteczności wyboru ryczałtu, spełniania warunków ustawowych lub skutków wykrytych nieprawidłowości warto przeprowadzić indywidualną analizę. Doradztwo podatkowe getsix® może pomóc w ocenie sytuacji przedsiębiorstwa, identyfikacji ryzyk i ustaleniu dalszych działań.

---

***